Una vez iniciada la guerra, estos planes fueron postpuestos en principio por la misma marcha de esta, totalmente favorable a Alemania, como por el hecho de ser considerados “derrotistas”. Pero tras el bombardeo de Berlín por parte de los ingleses (25/8/1940), el tema volvió a retomarse.
Al inicio de la guerra solo estaba en construcción el Nordsee III, en Helgoland, y se habían hecho preparativos para construir el Elbe II de Hamburgo. A partir de aquí, solo en Francia se consumieron 4,4 millones de metros cúbicos de hormigón en los siguientes tres años y medio.

Construir estos búnkeres estaba más allá de la capacidad de la Kriegsmarine, por lo que se recurrió a una organización para ello, la Organización Todt (OT).
Esta organización, creada por Fritz Todt, que llegó a tener empleada a más de 1,4 millones de personas en 1944, no se la podía definir en términos comparativos con nada parecido en Inglaterra o EEUU. Se la llegó a definir como una Quango (quasi-autonomous non-govermental organisation -organización no gubernamental cuasi autónoma-, similar a una organización privada a la que el gobierno ha otorgado determinados poderes).

Su función fue la de crear las condiciones necesarias para llevar a cabo la tarea encomendada. Para desarrollar esta, utilizaron trabajadores forzados y no forzados. A los forzados todos sabemos como eran obligados a trabajar, mientras que a los voluntarios se les ofrecían incentivos tales como la paga, que incluso podían cobrar ellos una parte y la otra ser enviada a sus casas. Se les alimentaba bien y se les acomodaba dentro de unos niveles razonables.

La OT tenía su propia fuerza de seguridad en la forma de varios Schutzkommando e incluso la Polizei Regiment Todt.

Tras la caida de Francia, la sección encargada de los trabajos allí era el Einsatzgruppe West, con sede en París. Este, a su vez, se dividía en tantos Oberbauleitungen como áreas en las que se fuera a construir los búnkeres.

Hubo varias firmas alemanas envueltas en la construcción de los búnkeres, alguna de ellas bastante conocida:

• Del hormigón se encargaba Siemens-Bauunion y Holzmann AG.
  
• De las instalaciones eléctricas se encargaba Siemens-Schuckert.
  
• De las máquinas para bombear el hormigón y el agua, así como drenarlo, se encargaba MAN (Maschinenfabrik Augsburg-Nürnberg).
  
• El resto se podía subcontratar con firmas locales.

Los turnos de trabajo eran de 12 horas (de 7 de la mañana a 7 de la tarde), y durante la noche se iluminaban las obras y solo se apagaban si se producía una alarma aérea.

Antes de iniciar la construcción de un búnker, varias labores tenían que ser tenidas en cuenta y ser efectuadas:

Se calculó que para una bomba de 1 Tm. eran suficientes 3,5 m. de espesor, y que se podían añadir las capas necesarias para aumentar la resistencia, asumiendo que estos cálculos ya habían sido tenidos en cuenta con el diseño de las paredes y cimientos.

Había cuatro tipos básicos de búnkeres lo suficientemente grandes para albergar sumergibles y submarinos:

Además del espacio destinado a los submarinos y sumergibles, un búnker debía tener:

Cada búnker podía tener de uno a varios diques. Los había de dos tipos: normales o húmedos y secos.

Los diques secos se usaban para realizar reparaciones. La altura desde el fondo del dique hasta el muelle debía ser por lo menos de 10 m. y del muelle al techo de otros 10 para así poder efectuar arreglos en el periscopio. El muelle era aproximadamente de 15 m. de ancho.

Cada dique tenía por lo menos una grúa con capacidad de entre 1 y 30 Tn., una bomba principal con capacidad de 3.000 m3 y varias auxiliares de 380 m3 que tardaban algo más de 3 horas en vaciarlo.

Este tipo de diques eran los primeros en ser construidos y también los primeros en ser utilizados.

La proteccion de cada dique la proporcionaban las enormes puertas acorazadas, alguna de ellas incluso de 1 m. de espesor. Podían ser en forma de persianas de acero, en las que las hojas bajaban verticalmente desde el techo, o del tipo normal.