Este puerto fue sede de las flotillas 2ª, 6ª, 22ª y 31ª, aunque las dos últimas lo usaron en la última parte de la guerra.

31. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en septiembre de 1943 y disuelta con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

KS Bruno Mahn 09.43-04.45 KK Carl Emmermann 04.45-05.45

2. Unterseebootsflotille “Salzwedel”.
También presente en Wilhelmshaven hasta junio de 1941 en la que solo se halla en Lorient.

1. Comandantes:

01.40 - 05.40: KK Werner Hartmann
01.40 - 09.41: KK Heinz Fischer
10.41 - 01.43: KK Víctor Schütze
01.43 - Final: KS Ernst Kals

6. Unterseebootsflotille “Humdius”.
Trasladada desde Danzig en febrero de 1942.

• Comandantes:

KL Fritz Frauenheim Puesto no ocupado.
09.41 - 10.43: KK Georg-Wilhelm Schulz
10.43 - 08.44: KK Carl Emmermann

22. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en enero de 1941. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

01.41 - 01.44: KK Wilhelm Ambrosius
01.44 - 07.44: KK Wolfgang Lüth
07.44 - 05.45: KK Heinrich Bleichrodt

Este puerto, en la bahía de Danzig, fue una de las bases desde la cual operaban varias flotillas de entrenamiento.
Durante la mayor parte de la guerra, esta agua eran seguras y las inexpertas tripulaciones las usaban para sus entrenamientos. Operaban las flotillas 19ª, 20ª, 21ª y 26ª.

19. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en octubre de 1943. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandante:

10.43 - 05.45: KK José Metzler

20. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en junio de 1943. Se disolvió en febrero de 1945.

• Comandante:

06.43 - 02.45: KK Ernst Mengersen

21. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en 1935. Se disolvió en marzo de 1945.

• Comandantes:

1935 - 1937: KS Kart Slevogt
11.37 - 03.40: KL Heinz Beduhn
03.40 - 06.43: KK Paul Büchel
06.43 - 09.44: KK Otto Schuhart
09.44 - 03.45: KL Herwig Collmann

26. Unterseebootsflotille.
Fundada en abril de 1941 en Pillau. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

04.41 - 01.43: KK Hans-Gerrit von Stockhausen
01.43 - 04.43: KK Karl-Friedrich Merten
04.43 - 03.45: FK Helmut Brümmer-Patzig
04.45 - 05.45: KK Ernst Bauer

Situada en la orilla occidental de la bahía de Danzig. Fue la sede de la flotillas de entrenamiento 22ª, 24ª, 25ª y 27ª, así como base de la 2ª Unterseebootslehrdivision.

22. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en enero de 1941. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

01.41 - 01.44: KK Wilhelm Ambrosius
01.44 - 07.44: KK Wolfgang Lüth
07.44 - 05.45: KK Heinrich Bleichrodt

24. Unterseebootsflotille.
Fundada en noviembre de 1939 en Danzig. Disuelta en marzo de 1945.

• Comandantes:

11.39 - 07.42: KK Hanes Weingärtner
07.42 - 01.43: KS R. Peters
03.43 - 05.44: FK Karl-Friedrich Merten
05.44 - 07.44: KK Karl Jasper
07.44 - 03.45: FK Karl-Friedrich Merten

25. Unterseebootsflotille.
Fundada en abril de 1940. Disuelta en mayo de 1945.

• Comandantes:

04.40 - 12.41: KK Ernst Hashagen
12.41 - 08.43: KK Karl Jasper
08.43 - 01.44: FK Karl Neitzel
01.44 - 04.45: KK Robert Gysae
04.45 - 05.45: KK Wilhelm Schulz

27. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en enero de 1940. Se disolvió en marzo de 1945.

• Comandantes:

01.41 - 01.44: KK Wilhelm Ambrosius
01.44 - 07.44: KK Wolfgang Lüth
07.44 - 05.45: KK Heinrich Bleichrodt

Situada en la orilla del Báltico, cerca de Gotenhafen. Fue una base de entrenamiento para uboote pero no tenía ninguna flotilla asignada de forma permanente.

Desde este puerto operaban las flotillas 23ª, 24ª y 25ª, todas ellas de entrenamiento.
Fue la base final de la 23ª, desde agosto de 1943 hasta el fin de la guerra, especializándose en entrenar a las tripulaciones en el disparo submarino de torpedos.
También fue sede de Führer der Unterseeboote Ost.

23. Unterseebootsflotille.
De combate. Fundada en septiembre de 1941. Desde mayo de 1942 asignada a la 29ª flotilla.

• Comandante:

09.41 - 05.42: KK Fritz Frauenheim

24. Unterseebootsflotille.
Fundada en noviembre de 1939 en Danzig. Disuelta en marzo de 1945.

• Comandantes:

11.39 - 07.42: KK Hanes Weingärtner
07.42 - 01.43: KS R. Peters
03.43 - 05.44: FK Karl-Friedrich Merten
05.44 - 07.44: KK Karl Jasper
07.44 - 03.45: FK Karl-Friedrich Merten

25. Unterseebootsflotille.
Fundada en abril de 1940. Disuelta en mayo de 1945.

• Comandantes:

04.40 - 12.41: KK Ernst Hashagen
12.41 - 08.43: KK Karl Jasper
08.43 - 01.44: FK Karl Neitzel
01.44 - 04.45: KK Robert Gysae
04.45 - 05.45: KK Wilhelm Schulz

Situada al nordeste de Hamburgo. Fue la base de la flotilla 25ª.

25. Unterseebootsflotille.
Fundada en abril de 1940. Disuelta en mayo de 1945.

• Comandantes:

04.40 - 12.41: KK Ernst Hashagen
12.41 - 08.43: KK Karl Jasper
08.43 - 01.44: FK Karl Neitzel
01.44 - 04.45: KK Robert Gysae
04.45 - 05.45: KK Wilhelm Schulz

Esta importante base naval está situada justo al norte del extremo oriental del canal de Kiel. Fue la base final de la flotilla 24ª.
En sus aguas de hacían pruebas de velocidad de los barcos.

24. Unterseebootsflotille.
Fundada en noviembre de 1939 en Danzig. Disuelta en marzo de 1945.

• Comandantes:

11.39 - 07.42: KK Hanes Weingärtner
07.42 - 01.43: KS R. Peters
03.43 - 05.44: FK Karl-Friedrich Merten
05.44 - 07.44: KK Karl Jasper
07.44 - 03.45: FK Karl-Friedrich Merten

Situada al norte de Rostock, fue la base final de la flotilla 26ª.

26. Unterseebootsflotille.
Fundada en abril de 1941 en Pillau. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

04.41 - 01.43: KK Hans-Gerrit von Stockhausen
01.43 - 04.43: KK Karl-Friedrich Merten
04.43 - 03.45: FK Helmut Brümmer-Patzig
04.45 - 05.45: KK Ernst Bauer

Estaba situada en Prusia Oriental. Fue la base de la flotilla 32ª antes de que se trasladara a Hamburgo debido al avance soviético.

32. Unterseebootsflotille.
De entrenamiento. Fundada en abril de 1944 y disuelta tras la rendición de Alemania.

• Comandantes:

04.44 - 03.45: FK Hermann Rigele
03.45 - 05.45: KK Ulrich Heyse

En ella estaba situada la Academia Naval de Mürwick.
Fue la base de la flotilla 33ª a pesar de que sus naves estuvieran mucho tiempo destacadas en Extremo Oriente.
Estaba bajo el mando del Führer der U-Boote West.

33. Unterseebootsflotille.
Fundada en septiembre de 1944. Se disolvió con la rendición de Alemania.

• Comandantes:

09.44 - 10.44: KK Georg Schewe
10.44 - 05.45: KK Gunther Kuhnke

Este puerto, situado en el extremo norte de Noruega, no era una base de sumergibles como tal, sino la sede del Führer der U-Boote Norwegen.

La Spezia en el noroeste de Italia, Pola en la costa del Adriático junto a la frontera con Yugoslavia y Salamis en Grecia, fueron bases del la flotilla 29ª, que también operó desde Toulon.
Estaban bajo el mando del Führer der U-Boote Mittelmeer.

29. Unterseebootsflotille.
Fundada en diciembre de 1941. En agosto de 1943 se traslada a Toulon. Posteriormente se traslada a Pola, Marsella y Salamis, donde es disuelta.

• Comandantes:

12.41 - 05.42: KK Franz Becker
05.42 - 07.43: KK Fritz Frauenheim
08.43 - 09.44: KK Gunther Jahn

Constanza en la costa del Mar Negro y Feodosia en la península de Crimea, fueron las bases de la flotilla 30ª.

30. Unterseebootsflotille.
Fundada en octubre de 1941 y disuelta en Septiembre de 1944.

• Comandantes:

10.42 - 05.44: KL Helmut Rosenbaum
05.44 - 07.44: KL Clemens Schöler
07.44 - 10.44: KL Klaus Petersen