En los sumergibles, el sistema de alimentación y almacenaje respecto a los buques de superficie tiene ciertas diferencias, marcadas por el hecho de que agua a presión impulsa al combustible desde los tanques de almacenaje hacia el tanque de gravedad de babor y hacia el tanque de gravedad de estribor. Ambos son de gravedad, por ello el vaciado y rellenado de los tanques almacen de los sumergibles, se hace por la parte superior de los mismos.
La alimentación de los motores diésel se lleva a cabo desde los citados tanques de gravedad. Habitualmente dicha alimentación se hacía desde uno de los tanques (ver esquemas), mientras el otro tanque puede ser llenado a voluntad mientras se utiliza el anterior para suministrar diésel a uno o los motores y eventualmente (cuando se necesita producir aire a presión con él), al compresor Junkers.

La manguera de llenado, procedente del buque nodriza o de suministro de combustible, se conecta a la toma de combustible que podemos ver en el esquema general de combustible. El combustible pasa a través de dos válvulas, filtro y un medidor de caudal, y llega posteriormentea una caja de válvulas distribuidoras que, a través de una bomba y una nueva caja de válvulas, distribuye el combustible a los tanques de almacenaje (ver esquema que sigue).

Estos tanques almacén, si son los exteriores, estarán llenos de agua que ha ido entrando en los tanques según estos se iban vaciando de combustible. El agua va saliendo a traves del tubo de nivel máximo de consumo, (ver esquema de agua a presión) que es depositado en un embudo que descarga, por la tubería correspondiente, a la sentina o a un tanque de lodos. Desde allí es bombeado al mar. El tanque se vuelve a llenar, cuando se comprueba visualmente que deja de salir agua y comienza a salir combustible. El tubo de nivel máximo, también evita que el combustible entre en las tuberías de presión de agua, al tener su extremo inferior por encima del de agua a presión.

Una vez llenos los tanques y arrancados los motores, el consumo de combustible desde los tanques de gravedad (9) y (12), hace que el nivel del mismo vaya disminuyendo en los tanques almacén o de combustible (17) según se rellenan dichos tanques (9) y (12), y de abajo arriba entonces el agua ocupa el espacio que el combustible va dejando por dicho consumo. El agua llega procedente del mar a través del circuito de refrigeración de los motores diésel (líneas (2) y (3)), que pasa a través de un tanque elevado (1) y llega a los tanques almacen por la tuberia de presión de agua (4). Cuando el nivel de agua llega a las válvulas correspondientes al tubo de nivel mínimo de combustible (16), esta saldrá por dicho tubo antes de que llegue a la tubería de combustible (6). El nivel, tanto de combustible como de agua, estará controlado por la anotación cuidadosa de cada consumo en cada tanque, relacionando el mismo con la capacidad.  Cuando se conozca por cálculos dicho nivel, se procederá a una prueba de nivel, abriendo las válvulas y comprobando si sale agua o combustible.

El combustible, procedente del tanque de gravedad seleccionado con el macho de cuatro vías (1), sale del mismo a través del tubo (C) de dicho macho (1), el tubo (D)  y una serie de machos (situados a popa de los tanques), pasando (en consumo normal) a través de un macho de dos vías (2), el tubo (Z), un medidor de caudal (3), dos machos de tres vias (4) y (5), y unas tuberías (J) y (K) que lleva el combustible a la parte de proa. Es allí donde se encuentran las bombas y filtros de los motores que alimentan a los mismos (ver Esquema de los tanques gravedad y circulación).

A la salida de la bomba, hay una válvula de seguridad (que alivia la presión del circuito cuando dicha presión alcanza la de timbrado de dicha válvula), devolviendo el exceso de combustible a la entrada de la bomba y cediendo el necesario, para un normal funcionamiento de los motores en el régimen preestablecido.
Los tanques de gravedad tienen además de las tuberías precisas para el consumo, las de relleno, las de ventilación y las de purga, éstas últimas para descargar el agua y otra serie de impurezas de mayor densidad que el mismo combustible, que ocasionalmente se vaya colando en los tanques.

En el esquema que sigue vemos el trayecto que sigue el combustible desde los tanques de gravedad hacia el tanque de consumo del compresor Junkers.
Hubo sumergibles que usaron otra configuración, posiblemente prescindiendo del tanque y suministrando directamente el combustible del tanque de gravedad correspondiente, al compresor Junkers de modo directo (como puede ser el caso del U-995 del que hablaremos más adelante).

En el siguiente grupo de esquema y fotos, vemos como se suministraba el combustible a los motores y compresor Junkers desde los tanques de gravedad.