9 Patrullas, 18 buques hundidos (95.544 tn) 5 dañados. 1 Corbeta hundida (900 tn).

El día 22 de Mayo de 1941 el U564 rescataría a la tripulación de un aeroplano aleman derribado en el Báltico

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 17 de Junio de 1941 hacia el Atlántico Norte.
El U564 era uno de los numerosos uboote que operaría en solitario en la zona central del Atlántico Norte. El día 23 de Junio el U203 avistaría al convoy HX133 al Sur de Groenlandia, el U203 lograría hundir a un buque pero perdería el contacto con el convoy.
El día 26 los uboot U564, U201 y U556 alcanzarían al convoy. A primera hora del día 27 el U564 torpedearía a tres buques al Este de Cape Farewell hundiendo al SS.Maasdam (holandés 8.812tn) y al MV.Malaya II (británico 8.651tn), en el ataque dañaría al petrolero MV.Kongsgaard (noruego 9.467tn).
El día 28 los uboote que estaban en contacto con el convoy serían rechazados por los escoltas con la excepción del U651 que tras hundir a un buque sería localizado y hundido por los escoltas. Aunque un avión Kondor del 1/KG40 avistaría de nuevo al convoy el día 29 no hubo más ataques por parte de los uboote . En total fueron hundidos seis buques del convoy HX133 y otros dos quedaron dañados.
Los uboote continuarían patrullando en la zona central del Atlántico Norte. El día 29 por la tarde el U564 torpedearía y hundiría a un mercante que navegaba en solitario, el SS.Hekla (islandés 1.215tn) al Sur de Cape Farewell. A mediados de Julio serían avistados muy pocos buques en la zona y a los sumergibles se les ordenaría dirigirse hacia el Noreste, reagruparse, y patrullar en formación.
El día 17 de Julio, antes de que los uboote estuvieran desplegados en su nueva zona de patrulla, un avión Kondor avistaría al convoy OB346 al Oeste del canal del Norte. El convoy sería de nuevo avistado el día 18 y los cinco uboote que se encontraban más cerca crearían una línea de patrulla por delante del mismo el día 19. El convoy esquivaría esta línea de patrulla y otra formada por treinta uboote (incluido el U564) el día 20.
Antes de regresar a la base el U564 avistaría con algunos buques que se dirigían a formar parte del convoy OG69 pero no lograría alcanzarlos.
El U564 llegaría a su nueva base en Brest el 27 de Julio de 1941.

2ª Patrulla
Zarpa de Brest el 26 de Agosto de 1941 para operar en el Atlántico.
En U564 sería desviado de su ruta hacia el convoy OG71 avistado el día 17 por un avión Kondor al Oeste de España. El U564 sería uno de los numerosos uboote desviados hacia el convoy y que no lograrían avistarlo. No se tendrían más noticias del convoy hasta el día 22 al mediodía cuando el U201 lo divisaría.
Ese mismo día por la tarde el U564 hundiría dos buques del convoy, al Oeste de Oporto, el remolcador a vapor Empire Oak (británico 484tn) y al SS.Clonlara (Británico 1.203tn). A primera hora del día 23 el U564 torpedearía y dejaría averiado al SS.Spind (noruego 2.129tn) que sería hundido tres horas más tarde por el U552.
En otro ataque realizado el día 23 por la mañana el U564 hundiría a la corbeta HMS.Zinnia que formaba parte de la escolta del convoy OG71. En el mismo ataque el U564 informaría del hundimiento de dos buques del convoy más, no hay confirmación de ello.
El U564 regresaría a Brest el 27 de Agosto de 1941.

3ª Patrulla
Zarpa de Brest el 16 de Septiembre de 1941 para operar en el Atlántico.
El U564 formaría parte del Grupo Bandenburg que estaba desplegado al Sureste de Cape Farewell. El Grupo se disolvería el día 26 de Septiembre el iniciar la mayoría de sus integrantes el regreso a la base.
El día 4 de Octubre el U564, junto a otros uboote, sería enviado hacia el convoy OG75. El convoy no sería localizado. La aviación si que avistaría al convoy el día 8 pero se perdería el contacto al día siguiente. Se realizarían búsquedas posteriores pero el convoy el día 10 ya estaba demasiado lejos como para atraparlo.
El U564 sería reabastecido en el puerto de Cádiz la noche del 14 al 15 de Octubre por el mercante alemán Thalia. Tras ser reabastecido el U564 se situaría al Oeste de Gibraltar y junto a otros sumergibles esperaría la partida del convoy HG75. A partir del día 17, todavía al Oeste de Gibraltar, el U564 pasaría a formar parte del Grupo Breslau. El convoy HG75 zarparía de Gibraltar el día 22 y sería localizado por el U71 a última hora del día 23. A primera hora de la mañana del día 24 el U564 hundiría a tres buques, al SS.Carsbeck (británico 3.670tn) al SS.Ariosto (británico 2.176tn) y al SS.Alhama (británico 1.352tn).
El U564 mantuvo el contacto con el convoy aunque no tendría éxito en los ataques realizados la noche del 26 al 27 de Octubre.
El U564 llegaría a Lorient el 1 de Noviembre de 1941.

4ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 11 de Enero de 1942 y llega a La Pallice el 12 de Enero de 1942.

5ª Patrulla
Zarpa de La Pallice el 18 de Enero de 1942 hacia la zona Oeste Atlántica.
El U564 se dirigiría hacia la zona de Newfounland y luego hacia el Sur. El día 11 de Febrero hundiría al petrolero MV.Victolite (británico 11.410tn) al Noroeste de Bermuda y el día 16, a 200 millas al Noreste, atacaría al petrolero MV.Opalia dejándolo dañado.
El día 16 el U564 recibiría combustible del U107 para poder regresar a la base.
El U564 llegaría a Brest el 6 de Marzo de 1942.

6ª Patrulla
Zarpa de Brest el 4 de Abril de 1942 hacia la Costa Este Estadounidense.
En el trayecto el U564 sería reabastecido por el U459 aproximadamente el día 27 a 500 millas al Noreste de Bermuda. El día 3 de Mayo el U564 hundiría al SS.Ocean Venus (británico 7.147tn) al Este de Cape Canaveral, el día 4 torpedearía y dejaría averiado al petrolero SS.Eclipse (británico 9.767tn) al Este de Delray Beach en Florida. El día 5 también dejaría averiado al SS.Delisle (americano 3.478tn) a la altura de Juno Beach en Florida. Estos dos últimos serían remolcados a puerto y reparados.
El día 8 de Mayo el U564 hundiría al SS.Ohioan (americano 6.078tn) y el día 9 al petrolero MV.Lubrafol (panameño 7.138tn) ambos a la altura de Delray Beach. El día 14 el U564 hundiría al petrolero SS.Potrero del Llano (mejicano 4.000tn) cerca de Sands Key en Florida. Este último era un buque neutral que, navegaba iluminado y perfectamente identificado.
El U564 regresaría a Brest el 6 de Junio de 1942.

7ª Patrulla
Zarpa de Brest el 9 de Julio de 1942 hacia el Caribe.
El día 18 por la mañana el U126, que regresaba a la base, avistaría al convoy OS24 al Norte de las Azores. Al U126 no le quedaban torpedos, mantendría el contacto con el convoy y daría el aviso, los uboote U108, U564 y U654 acudirían a su llamada. El U564 atacaría al convoy a primera hora del día 19 hundiendo al SS.Empire Hawksbill (británico 5.724tn) y al MV.Lavington Court británico 5.372tn). Estas fueron las únicas bajas sufridas por el convoy. Los cuatro uboote serían rechazados de la zona por los escoltas el mismo día 19 por la tarde. Los uboot continuarían sus rumbos originales.
Los U564 y U654 serían reabastecidos por el U463 a finales de Julio al Oeste de las Azores. El día 19 de Agosto el U564 avistaría al convoy TAW(S) al Oeste de Grenada, en los ataques realizados hundiría al petrolero SS.British Consul (británico 6.940tn) y al SS.Empire Cloud (británico 5.969tn). El día 30, al Norte de Tobago, el U564 hundiría al petrolero MV.Vardaas (noruego 8.176tn).
El U564 regresaría a Brest el 18 de Septiembre de 1942.

9ª Patrulla
Zarpa de Brest el 11 de Marzo de 1943 hacia el Atlántico Norte.
El U564 formaría parte del Grupo Seeteufel, formado a partir del día 21 al Sur de Islandia, para operar contra el convoy ONS1. El día 22 el Grupo se dirigiría hacia el Oeste y el día 26 se encontraba en la ruta del convoy HX230. Ese mismo día por la tarde el U564 avistaría mástiles y a un portaviones. Los aviones y los escoltas evitarían que los uboote lograran determinar el rumbo del convoy. Se pensó que se trataba de un convoy ON y no se perseguiría.
No obstante se decidió que el Grupo Seeteufel debía centrar sus esfuerzos en el convoy HX230 que había sido avistado por el U305 del Grupo Seewolf. Las tormentas y un huracán formado el día 28 provocarían que sólo cinco uboote de entre los dos Grupos lograran establecer (por poco tiempo) contacto con el convoy. Los ataques con torpedo eran imposibles a causa del estado de la mar, los uboote continuaron siguiendo al convoy con la esperanza de poder atacar a algún rezagado. En las operaciones, que finalizaría el día 30, sólo sería hundido un mercante.
El U564 y otros uboote del Grupo Seeteufel se unirían a otros de recién llegados y formarían el Grupo Löwenherz y a partir del día 3 de Abril se situarían al Sureste de Groenlandia. El día 4 el convoy HX231 sería avistado al Oeste de la línea de patrulla. Las operaciones durarían tres días en las que serían hundidos seis buques. El U564 no tendría suerte.
El U564 llegaría a Bordeaux el 15 de Abril de 1943.

10ª Patrulla
Zarpa de Bordeaux el 15 de Mayo de 1943 y regresa el 17 de Mayo de 1943.

11ª Patrulla
Zarpa de Bordeaux el 31 de Mayo de 1943 y regresa el 3 de Junio de 1943.

12ª Patrulla
Zarpa de Bordeaux el 9 de Junio de 1943.
EL U564 cruzaría el Golfo de Vizcaya junto a los U159, U185, U415 y U634 para darse mutua protección.
El día 13 por la tarde serían descubiertos por un avión Sunderland del escuadrón 228 (F/O L.B.Lee) a 250 millas al Oeste de Cabo Finisterre. A pesar de la fuerte defensa antiaérea presentada por los uboot el avión atacaría con varias cargas al U564. El U564 sufriría graves desperfectos y el avión sería derribado.
El U564 iniciaría a causa de las averías sufridas el regreso a la base escoltado por el U185. El día 14 por la tarde los dos uboote serían avistados por un avión Whitley del 10º OTU (Sgt A.Benson). Tras esperar durante dos horas la llegada de otro avión Whitley del mismo escuadrón el Sargento Benson iniciaría el ataque. El U564 resultaría de nuevo dañado y el avión atacante acabaría amerizando a causa de los daños sufridos. Tras el ataque el U185 intentó remolcar al U564 pero finalmente el U564 acabaría hundiéndose. El U185 rescataría al comandante y a otros 17 tripulantes del U564. Poco después serían trasladados a bordo de los destructores Z24 y Z25.
Morirían 29 tripulantes del U564.
La posición del hundimiento del U564 fue 44º17’N 10º25’W.