1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 17 de Febrero de 1941 para operar al Oeste de Inglaterra.
El día 22 de Febrero el U97 formaba parte de una línea de patrulla al Oeste de Irlanda junto al U69, U73, U96, U107 y U552. El convoy OB288 había sido localizado por un avión de reconocimiento, al Oeste de Irlanda, los ataques se sucedieron pero el U97 no tomó parte en ellos.
El día 23 el U552 divisó al convoy OB289 al Suroeste de las Islas Faroes. El U97 era un de los tres uboot a los que el BdU ordenó atacar. A primera hora del día 24 el U97 hundiría a tres buques, al SS.Mansepool (británico 4.897tn), al SS.Jonathan Holt (británico 4.973tn) y al buque cisterna SS.British Gunner (británico 6.894tn) también torpedeó y dejo averiado al buque cisterna MV. G.C.Brövig (noruego 9.718tn) la mañana del día 24.
El día 25 el U97 junto a otros tres uboot fueron desviados al encuentro del convoy OB290, que había sido divisado por el U47 el mismo día por la tarde. Los cuatro uboot no llegaron a tiempo. El U97 estuvo patrullando entre Islandia y Rockall desde finales de Febrero hasta primeros de Marzo.
También realizó funciones de uboot metereológico antes de regresar a la base.
El U97 llegó a su nueva base de Lorient el 7 de Marzo de 1941.
2ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 20 de Marzo de 1941 para operar al Oeste de las Islas Británicas.
En el trayecto el U97 divisó al convoy OG56 a última hora del día 23 al Suroeste de Irlanda. En un ataque realizado por la tarde el U97 hundiría al buque cisterna MV.Charma (británico 8.077tn) al Suroeste de Fastnet. A primera hora de la tarde del día 24 el U97 hundiría al SS.Hörda (noruego 4.301tn) del disperso convoy OG56 al Noreste de las Azores.
A partir del día 25 de Marzo los U97, U46, U48, U69, U74 y U98 se reunieron al Sur de Islandia para acosar a los convoys divisados por el servicio de reconocimiento aéreo. Se localizaron a varios buques que navegaban en solitario y también a tres convoys, hubo dificultades en encontrarlos debido a los datos erróneos facilitados por la aviación. Hubo algunos hundimientos a finales de Marzo pero el U97 no participó en ellos.
El día 2 de Abril de 1941 los U97, U46, U69, U74, U76, U98 y U101 formaron una nueva línea de patrulla para interceptar a un convoy divisado por el U76 el día 1 de Abril al Sur de Islandia. En la tarde noche del día 2 el convoy SC26 cruzó la línea de patrulla y durante la noche seis buques fueron hundidos y otro fue dañado, en ataques posteriores fueron hundidos otros cuatro buques, la operación finalizó el día 4. El U97 no realizó ningún ataque al convoy pero a última hora de la tarde del día 4 hundiría al buque cisterna MV.Conus (británico 8.132tn) en la parte central del Atlántico Norte, al Sureste de Cape Farewell.
El U97 llegó a St.Nazaire el 10 de Abril de 1941.
3ª Patrulla
Zarpa el 1 de Mayo de 1941 de St.Nazaire para operar en el Atlántico.
En el trayecto a su zona de patrulla el U97 hundiría al SS.Camito (británico 6.833tn) y al buque cisterna SS.Sangro (italiano 6.466tn) ambos a primera hora del día 6 al Suroeste de Irlanda. El SS.Camito era un buque armado auxiliar que estaba escoltando al capturado SS.Sangro hacia puerto británico. El SS.Sangro fue capturado cuando realizaba el trayecto Brasil – Francia.
El día 8 de Mayo en la parte central del Atlántico Norte el U97 hundiría al SS.Ramilles (británico 4.553tn). A partir del día 13 el U97 formó parte de una línea de patrulla que se dirigía hacia el Sureste de Cape Farewell. El grupo operó contra el convoy HX126 que había sido divisado por el U94 el día 19. Antes de perderse el contacto el día 22 fueron hundidos nueve buques del convoy HX126 y otro resultaría dañado.
El U97 inició el regreso a la base el día 24. Al día siguiente, junto a otros uboot, se les ordenó ayudar al Bismarck y al Prinz Eugen que trataban de entrar en el Atlántico Norte a través del Estrecho de Dinamarca. La idea era formar una línea de patrulla de Noroeste a Suroeste al Sur de Cape Farewell. Una vez que los acorazados cruzasen la línea de patrulla debían atacar a la fuerza naval perseguidora.
Los planes se cambiaron, el Bismarck debía dirigirse a St.Nazaire y el Prinz Eugen se dirigió hacia el Suroeste. En la noche del 24 al 25 de Mayo el Bismarck resultó dañado por un torpedo lanzado por un avión. Para formar una escolta se dirigieron a su encuentro los U74, U97, U98, U109 y U556 (que regresaban a la base) y los U48 y U73 (que se dirigían a su zona de patrulla) debían reunirse el día 25 a unas 450 millas al Oeste de St.Nazaire. Debían formar una línea de patrulla al Nordeste de Cabo Ortegal. Este encuentro se retrasó a causa del mal tiempo y los uboot no estuvieron en posición antes del día 26 de Mayo. Ese día el Bismarck estaba al Nordeste de la línea de patrulla, navegando en paralelo y al Sur de la línea de uboote . A los uboot que todavía tenían torpedos se les ordenó atacar a los perseguidores, el fuerte temporal evito que los uboot llegaran a tiempo. El Bismarck fue hundido el día 27 de Mayo por la mañana.
El U97 regresó a St.Nazaire el 30 de Mayo de 1941.
4ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 2 de Julio de 1941 para operar en la parte central del Atlántico Norte.
El U97 era uno de los quince uboot que operaban individualmente en un área muy extensa, el día 15 se les ordenó juntarse para formar un grupo de patrulla. El día 17 un avión Kondor del 1/KG40 divisó al convoy OB346 al Oeste del Canal del Norte. Aunque otro avión también lo divisó el día 18, el convoy evitó a una línea de cinco uboot el día 19. El convoy también evitó a otra línea de patrulla formada por trece uboot el día 20.
Entre el 24 y el 26 de Julio el U97 tomó parte en una operación fallida contra el convoy SL80 al Suroeste de Irlanda. En la misma zona a partir del día 3 de Agosto el U97 operó contra el convoy SL81. Cinco buques de este convoy fueron hundidos la mañana del día 5. El U97 no tuvo suerte.
El U97 regresó a St.Nazaire el 8 de Agosto de 1941.
5ª Patrulla
Zarpa el 19 de Septiembre de 1941 hacia el Mar Mediterráneo.
El U97 cruzó el estrecho de Gibraltar en la noche del 26 al 27 de Septiembre. El U97 era uno de los seis uboot del grupo Goeben, los primeros uboot del Tipo VII en entrar al Mediterráneo. Fueron el U97, U75, U79, U331, U371 y U559. Todos se dirigieron hacia el Este para operar entre Alejandría y Tobruk.
El día 17 de Octubre el U97 hundiría a dos buques a la altura de Alejandría, a los SS.Samos (griego 1.208tn) y al pequeño buque cisterna SS.Pass of Balmaha (británico 758tn).
El U97 llegó a su nueva base de Salamis el 28 de Octubre de 1941.
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