En los submarinos el sistema de alimentación y almacenaje respecto a los buques de superficie tiene ciertas diferencias marcadas por el hecho de que agua a presión impulsa al combustible desde los tanques de almacenaje hacia los de consumo y sedimentación ambos de gravedad, por ello el vaciado y rellenado de los tanques almacen de los submarinos, se hace por la parte superior de los mismos.

La alimentación de los motores diesel se lleva a cabo desde los citados tanques de gravedad, habitualmente dicha alimentación se hace desde el tanque de consumo (ver esquemas) siendo el tanque de sedimentación utilizado para separar el agua que ocasionalmente se encuentra entre el combustible que una vez purgado se puede usar para consumo.

La manguera de llenado procedente del buque nodriza o de suministro de combustible se conecta a la toma de combustible que podemos ver en el esquema de combustible, el combustible a través de dos válvulas, una mirilla de vidrio, filtro y un medidor de caudal llega a una caja de válvulas que distribuye el combustible a los tanques de almacenaje, estos estarán llenos de agua que ha ido entrando en los tanques según estos se iban vaciando de combustible, el agua va saliendo a traves del tubo de nivel máximo de consumo, (ver esquema de agua a presión) que es depositado en un embudo que descarga por la tubería correspondiente a la sentina o a un tanque de lodos desde donde es bombeado al mar el tanque se llena cuando se comprueba visualmente que deja de salir agua y comienza a salir combustible el tubo de nivel máximo también evita que el combustible entre en las tuberías de presión de agua al tener su extremo inferior por encima del de agua a presión.

Una vez llenos los tanques y arrancados los motores el consumo de combustible desde los tanques de gravedad (9) y (12) hace que el nivel del mismo vaya disminuyendo en los tanques almacén o de combustible (17) según se rellenan dichos tanques (9) y (12) y de abajo arriba entonces el agua ocupa el espacio que el combustible va dejando por dicho consumo, el agua llega procedente del mar a través del circuito de refrigeración de los motores diesel (líneas (2) y (3)) que pasa a través de un tanque elevado (1) y llega a los tanques almacen por la tuberia de presión de agua (4), cuando el nivel de agua llega a las válvulas correspondientes al tubo de nivel mínimo de combustible (16) esta saldrá por dicho tubo antes de que llegue a la tubería de combustible (6) el nivel tanto de combustible como de agua estará controlado por la anotación cuidadosa de cada consumo en cada tanque relacionando el mismo con la capacidad y cuando se conozca por cálculos dicho nivel se procederá a una prueba de nivel abriendo las válvulas y comprobando si sale agua o combustible.

El combustible, procedente del tanque de consumo, sale del mismo a través de una serie de machos, (situados a popa de los tanques) pasando, (en consumo normal) a través de un medidor de caudal, dos machos de tres vias, y una tubería que lleva el combustible a la parte de proa, donde se encuentran las bombas y filtros de los motores, que alimentan a los mismos.
A la salida de la bomba, hay una válvula de seguridad, que alivia la presión del circuito devolviendo el exceso de combustible a la entrada de la bomba y cediendo el necesario, para un normal funcionamiento de los motores en el régimen preestablecido.
Los tanques de gravedad tienen además de las tuberías precisas para el consumo, las de relleno, las de ventilación y las de purga para descargar el agua que ocasionalmente se vaya colando en los tanques y otra serie de impurezas de mayor densidad que el mismo combustible.