Después del estallido de la guerra, con todos los trabajos del mar de Norte centralizados en Emden, se paralizaron todos los contratos para la construcción de barcos civiles. Se planificó la entrega de 9 submarinos al año del tipo VIIC.
Para ello se utilizaron 1800 trabajadores de la plantilla, el resto se encargaba de la reparación de buques de superficie.

A principios de Julio de 1943 se planificó, además, la construcción de varios submarinos de los tipos VIIC-41 y VIIC-42, así como de los pequeños submarinos Walter del tipo XVII-B.