Antes del estallido de la guerra, los astilleros de Lübeck ya estaban involucrados en el Plan Z, de hecho, durante los años 1.937 y 1.938 se había construido un muelle para submarinos y la firma “Hapro” había firmado con China un contrato para la construcción de submarinos.
Cuando, en 1.938, el tonelaje de los submarinos pudo ser equiparado al de la Royal Navy, el Mando Supremo de la Marina se dispuso a contactar con diversos astilleros para poder llevar a cabo este aumento del tonelaje. Por ello, se encargó a los Astilleros Flender WerKE la construcción de 4 submarinos del tipo VIIB a los cuales se les añadió otro más.

El nuevo sistema de trabajo para la construcción de la nueva flota implicaba la construcción de 32 submarinos, lo cual venia decir que 1/3 de los 90 submarinos de los tipos VIIB/VIIC del Plan Z se iban a construir en Lübeck. En 1.939 se encargaron 5 más del tipo VIIC.
Después del inicio de la guerra se planifico la construcción de 10 submarinos del tipo VIIC al año a lo que había que añadir la reparación de estos con lo cual la capacidad del astillero se cubrió por completo. En 1.943 se les añadió la construcción de dos pequeños cargueros del tipo “Hansa”.

A mediados de 1.943 tuvieron que hacer frente al aumento en la construcción solicitado por Dönitz, mediante este, tenia que producir 40 submarinos al año (28 mas de lo habitual), para ello tuvieron que introducir un turno de trabajo nocturno para si poder llegar a esos requerimientos.
Todo esto llevo al astillero a que, además de construir los submarinos del tipo VIIC-42, tuviera que fabricar también los eléctricos del tipo XXI. Pero en el siguiente plan alternativo se canceló la construcción del tipo VIIC en 1.944, aunque deberían entregar 25 secciones IV del tipo XXI mensualmente.

En la primavera de 1.944 el astillero Stueckeln de Hamburgo también comenzó a fabricar las secciones IV debido al temor de que, por los ataques aéreos, se pusiera en peligro la fabricación de estas secciones y no pudieran llegar a las plantas de ensamblaje en Deschimag AG Weser y Blohm&Voss. Pero la exclusiva de la fabricación de dichas secciones permaneció en Lübeck hasta el final de la guerra, ya que afortunadamente no se produjeron bombardeos.

Al principio de 1.944 el departamento de desarrollo diseño un pequeño submarino tripulado por un hombre. Ya en Marzo de 1.944 había un prototipo preparado, el cual causo una buena impresión a los especialistas del OKM. Su desarrollo parecía tan madurado que se encargaron varias series de ellos bajo la designación Biber. Hasta Noviembre de 1.944 se construyeron 324 submarinos Biber en varios astilleros.

El primer uboot finalizado por los Astilleros Flender Werke AG fue el U120, el día 16 de Marzo de 1940. El útlimo uboot en ser finalizado en los Astilleros Flender Werke AG y comisionado en la Kriegsmarine fue el U328, el día 24 de Junio de 1944.

De los 22 contratos no finalizados por los Astilleros Flender Werke AG 2 uboote tenían la quilla colocada.
De los uboot construidos en los Astilleros Flender Werke AG un total de 42 uboote fueron comisionados en la Kriegsmarine.