1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 23 de Marzo de 1943 y llega a Bergen el 26 de Marzo de 1943.
2ª Patrulla
Zarpa de Bergen el 28 de Marzo de 1943.
El U646 llega a Trondheim el 30 de Abril de 1943.
3ª Patrulla
Zarpa de Trondheim el 12 de Mayo de 1943 hacia el Atlántico Norte.
De trayecto el U646 fue hundido por las cargas de un avión Hudson del escuadrón 269 (Sgt F.H.W.James) en día 17 al Sureste de Vik en Islandia.
No hubo supervivientes, 46 muertos.
La posición del hundimiento del U646 fue 62º10’N 14º30’W.
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