10 Patrullas. 6 buques hundidos (17.928 tn) 1 dañado. 1 Sloop hundidad (1.060tn).

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 4 de Junio de 1941 para operar en el Atlántico Norte.
El U559 se dirigiría hacia el estrecho de Dinamarca, junto al U79, para apoyar al Crucero Lützov en una futura operación de huida. El intento de huida del Lützov (más que una huida era un intento de entrar en el Atlántico sin ser detectado) fallaría la noche del 12 al 13 de Junio y los uboote serían relegados de su labor.
A partir del día 1 de Junio el Grupo West estaba situado en la zona Oeste Atlántica pero sólo serían hundidos buques que navegaban en solitario. No había rastro de convoys ya que habían sido desviados para evitar las patrullas de uboote . A partir del día 20 el Grupo West se dirigiría hacia la zona Central del Atlántico Norte y sus integrantes operarían dispersados para cubrir una zona más amplia. El U559, junto a otros uboote, también participaría en esta operación. La operación no tendría el éxito esperado y a finales de Junio los uboote empezarían a dirigirse hacia el Este.
El U559 llegaría a St.Nazaire el 5 de Julio de 1941.

2ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 26 de Julio de 1941 para operar en el Atlántico.
El U559 era uno de los uboote que debía formar una compacta línea de patrulla en la zona central del Atlántico Norte. El día 2 de Agosto el U204 localizaría al convoy SL81, el primer uboot en seguirlo fue el U559. El día 4, con varios uboote siguiendo al convoy, la fuerte escolta evitaría los ataques. A primera hora del día 5 tres uboote lograrían hundir un total de cinco buques. La operación finalizaría ese mismo día al llegar a la zona la aviación de escolta.
Entre los días 6 y 10 de Agosto el U559 formaría parte, junto a otros uboote, de dos operaciones fallidas. Primero no lograría atacar al convoy HG68 y luego no encontraría a otro convoy. Tras esto los uboote U559, U75, U83, U106 y U204 se agruparían al Oeste del Canal del Norte.
El día 17 se dirigirían a interceptar al convoy OG71, avistado por un avión Kondor del 1/KG40. El U201, que regresaba a la base, contactaría con el convoy esa misma tarde. Los uboot U559, U204, U552 y U564 también se unirían al ataque. El U559 hundiría al SS.Alva (británico 1.584tn) a primera hora del día 19 al Suroeste de Irlanda. El U559 también informaría del hundimiento de un segundo mercante y de haber dañado a otro. No hya confirmación alguna de ello. Entre los cinco uboote hundirían un total de ocho buques y dos escoltas. La operación finalizaría el día 23.
El U559 llegaría a St.Nazaire el día 22 de Agosto de 1941.

3ª Patrulla
Zarpa de St.Nazaire el 20 de Septiembre de 1941 hacia el Mediterráneo.
El U559 era uno de los seis uboote que formaban el Grupo Goeben, el primer Grupo de uboote enviado al Mar Mediterráneo. El U559 cruzaría el estrecho de Gibraltar la noche del 25 al 26 de Septiembre.
El U559 se dirigiría a la zona Este Mediterránea para operar contra los buques de suministro británicos entre Alexandria y Tobruk. Los días 4 y 10 el U559 atacaría sin éxito a varios vapores. Informaría también, de haber alcanzado a un Destructor que escoltaba a tres barcazas. No hay confirmación de ello.
El U559 llegaría a su nueva base en Salamis el 20 de Octubre de 1941.

4ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 24 de Noviembre de 1941 para operar en la zona Este Mediterránea.
El U559 hundiría a la Sloop HMAS.Parramatta a la altura de Bardia el día 27.
El U559 regresaría a Salamis el 4 de Diciembre de 1941.

5ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 8 de Diciembre de 1941.
El día 23 el U559 hundiría al SS.Shuntien (británico 3.059tn) cerca de Tobruk. El día 26, en la misma zona, torpedearía al SS.Warszawa (polaco 2.487tn). Este mercante no sería hundido en el primer ataque pero si en un segundo efectuado cinco horas más tarde por el propio U559. El día 28 el U559 atacaría a un convoy sin resultado.
El U559 regresaría a Salamis el 31 de Diciembre de 1941.

6ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 16 de Febrero de 1942.
El U559 torpedearía a los restos de un mercante cerca de Bardia el día 21. No hay confirmación de ello.
El U559 regresaría a Salamis el 26 de Febrero de 1942.

7ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 4 de Marzo de 1942.
El U559 regresaría a Salamis el 21 de Marzo de 1942.

8ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 24 de Marzo de 1943.
El U559 llegaría a Pola el 27 de Marzo de 1942.

9ª Patrulla
Zarpa de Pola el 10 de Mayo de 1942.
El U559 regresa a Pola el 12 de Mayo de 1942.

11ª Patrulla
Zarpa de Pola el 15 de Agosto de 1942 y llega a Salamis el 21 de Agosto de 1942.

12ª Patrulla
Zarpa de Salamis el 29 de Agosto de 1942.
El U559 llegaría a Messina el 21 de Septiembre de 1942.

13ª Patrulla
Zarpa de Messina el 29 de Septiembre de 1942.
El U559 operaría en la zona Este Mediterránea. El día 12 de Octubre ametrallaría a un velero, concretamente al egipcio Bringhi. El velero lograría escapar y llegar a puerto pero se hundiría.
El día 30 de Octubre el U559 sería localizado al Noreste de Port Said siendo atacado por los Destructores HMS.Dulverton (Cdr W.N.Petch), HMS.Hero (Lt-Cdr W.Scott), HMS.Hurworth (Lt D.A.Shaw), HMS.Pakenham (Capt E.K.B.Stevens) y HMS.Petard (Lt-Cdr P.C.Egan) y también por un avión Wellesley del escuadrón 47. Tras 288 cargas de profundidad el U559 se vería obligado a salir a la superficie.
Morirían 8 tripulantes del U559, 37 miembros de la tripulación (incluido el comandante) serían capturados.
La posición del hundimiento del U559 fue 32º30’N 33º00’E.

Una vez la tripulación había abandonado al sumergible, tres tripulantes del HMS.Petard abordaron al sumergible que se hundía. Dos de ellos lograron entrar en el uboot y el otro permaneció en la torreta cogiendo los documentos y libros que le iban pasando desde el interior. El U559 se hundiría de repente con los dos marineros británicos en su interior.
Los libros de claves recuperados fueron de gran ayuda en la "lucha" contra la máquina enigma.