1 patrulla, ningún buque hundido.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 28 de Marzo de 1945 y llega a Horten el 30 de Marzo de 1945.

2ª Patrulla
Zarpa de Horten el 2 de Abril de 1945 y llega a Kristiansand el 3 de Abril de 1945.

3ª Patrulla
Zarpa de Kristiansand el 3 el 6 de Abril de 1945 para operar al Noreste de Escocia.
El día 14, mientras estaba sumergido, el U1206 experimentaría graves problemas, posiblemente a causa de un mal uso en uno de los retretes del uboot. El U1206 lograría emerger pero embarrancaría cerca de Buchan Ness, donde sería abandonado y barrenado.
Morirían 3 tripulantes del U1206. 46 supervivientes serían capturados.
La posición del hundimiento del U1206 fue 57º21’N 01º39’W.

Informe del Comandante Karl-Adolf Schlitt acerca de la pérdida y hundimiento de la nave:

En abril de 1945 el U1206 se encontraba en el Mar del Norte buscando convoyes Británicos.
Uno de los motores diésel sufriría una avería.
A causa de ello no podíamos cargar las baterías utilizando el Sistema Schnorkel y estas se encontraban descargadas. Para reparar la avería en el motor, nos sumergimos a 70 metros entre 8 y 10 millas de la costa Británica para no ser molestados por las fuerzas Británicas.

Mientras se efectuaban las reparaciones, yo me encontraba en la sala de motores cuando se produciría una filtración de agua en la zona de proa y una posterior inundación. Poco después supe que un mecánico había tratado de reparar el WC de proa y se produciría una importante fuga en la válvula exterior. Quisiera decir -aunque no tengo prueba alguna de ello- que presuntamente el indicador de la válvula exterior daba una lectura errónea o estaba mal instalado. El Ingeniero Jefe, que en el momento de la inundación se encontraba en la Sala de Control, usaría todo el aire a presión almacenado para emerger el Uboot a causa de la gran cantidad de agua que entraba. El agua de mar ya había alcanzado la sala de baterías y el gas clorhídrico ya empezaban a llenar la nave.

Entonces vimos que éramos totalmente incapaces de movernos o de sumergimos. Como podíamos ser descubiertos por la aviación Británica, tomé la decisión de hundir el sumergible.
La tripulación al completo conseguiría llegar a la cosa Escocesa en los botes de goma.
Trágicamente, al intentar escalar la escarpada pendiente, tres hombres cayeron y morirían ahogados. Varios hombres serían rescatados por una Sloop Británica.