1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 19 de Septiembre de 1944 y llega a Horten el 22 de Septiembre de 1944.
2ª Patrulla
Zarpa de Horten el 27 de Septiembre de 1944 y llega a Marviken el 28 de Septiembre de 1944.
3ª Patrulla
Zarpa de Marviken el 11 de Octubre de 1944 para operar en aguas Británicas.
El U1003 patrullaría en el Canal del Norte durante el mes de Noviembre.
El U1003 llegaría a Stavanger el 16 de Diciembre de 1944.
4ª Patrulla
Zarpa de Stavanger el 10 de Enero de 1945 y llega a Bergen el 11 de Enero de 1945.
5ª Patrulla
Zarpa de Bergen el 19 de Febrero de 1945 hacia aguas Británicas.
A primeros de Marzo el U1003 operaría en el Canal del Norte. El día 20 el U1003 sería localizado y atacado por un avión Liberator del escuadrón 120. El U1003 lograría escapar sin daños.
La tarde del día 21 de Febrero el U1003 colisionaría con la fragata canadiense HMCS.New Glasgow. El U1003 se encontraba a cota periscópica en la zona de la entrada del Canal del Norte. A causa de los importantes daños el U1003 se iría al fondo y sería sometido a varios ataques con cargas de profundidad.
A primera hora del día 22 el U1003 lograría salir a la superficie y se evaluarían los daños sufridos. Se avistaría a un buque y el U1003 se sumergiría de nuevo, poniendo rumbo Noroeste, dejando un visible rastro de combustible. Al anochecer emergería de nuevo para recargar baterías siendo de nuevo localizado y se vería obligado a sumergirse. Al agotarse las baterías del Uboot, las bombas de achique dejaron de funcionar y a primera hora del día 23 el comandante del U1003 daría la orden de emerger y abandonar la nave.
31 tripulantes del U1003 serían capturados por la fragata HMCS.Thetford Mines. Otros 18, incluido el comandante, morirían.
Dos tripulantes del U1003 fallecerían poco después.
La posición del hundimiento del U1003 fue 55º25’N 06º53’W.
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