6 Patrullas realizadas, 26 buques hundidos (137.819tn) y cuatro dañados.

1ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 9 de agosto de 1940 para operar al oeste de las Islas Británicas.
El día 16 por la mañana el U100 hundiría al MV. Empire Merchant (británico 4.864tn) al sur de Rockall. También hundiría al SS. Jamaica Pioneer (británico 5.417tn) el día 25 al este de Rockall.
El U100 localizó al convoy OA204 a última hora del día 28 de agosto al sureste de Rockall y el día 29 por la mañana hundiría a cuatro buques del convoy, el SS. Dalblair (británico 4.608tn) el SS. Astra II (británico 2.393tn) el SS. Alida Gorthon (sueco 2.373tn) y al SS. Empire Moose (británico 6.103tn), estos dos últimos eran rezagados del convoy. También el U100 dañaría al SS. Hartismere (británico 5.498tn). este buque sería hundido en el Océano Índico el 8 de julio de 1942 por el sumergible japonés I10.
El U100 llegó a Lorient el 1 de septiembre de 1940.

2ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 11 de septiembre de 1940 para operar al oeste de las Islas Británicas.
Mientras realizaba funciones de uboot metereológico el U47 localizó al convoy HX72 el día 20 de septiembre al suroeste de Rockall, justo cuando la escolta oceánica se retiraba.
El U100 no llegó alcanzar al convoy hasta el día 21. En poco más de tres horas Schepke hundiría a siete buques, todos ellos al suroeste de Rockall, concretamente el SS. Canonesa (británico 8.286tn), el buque cisterna MV. Torinia (británico 10.364tn), el SS. Dalcairn (británico 4.608tn), el SS. Empire Airman (británico 5.586tn), el SS. Scholar (británico 3.940tn), el SS. Frederick S. Fales (británico 10.525tn) y al SS. Simla (noruego 6.031tn). Estos buques serían hundidos entre los días 21 y 22 de septiembre.
El U100 regresó a Lorient el 25 de septiembre de 1940.

3ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 12 de octubre de 1940 para operar en el Atlántico al oeste de las Islas Británicas.
El día 17 el U48 localizó al convoy SC7 al noroeste del Canal del norte. El U46, U99, U100, U101 y U123 formaron una línea de patrulla la noche del 17 al 18 de octubre a la espera del convoy. El convoy cruzó la línea el día 18 y los ataques se sucedieron durante la noche del 18 al 19. El U100 no logró hundir a ningún buque pero daño a tres rezagados al noreste de Rockall, el SS. Shekatika (británico 5.458tn) el SS. Boekolo (holandés 2.118tn) y el SS. Blairspey (británico 4.155tn). El Shekatika había sido dañado con anterioridad por el U123 y fue finalmente torpedeado y hundido por el propio U123. El Blairspey ya había sido torpedeado por el U101 pero no se hundió. El convoy SC7 perdió en total 21 buques y otros dos fueron dañados.
El U100, que no llegó a tiempo para participar en los ataques principales al convoy SC7, divisó al convoy HX79 al suroeste de Rockall a última hora de la tarde del día 19. Tras la medianoche el U100 hundiría a dos buques cisterna, el MV. Caprella (británico 8.230tn) y al MV. Sitala (británico 6.218tn). En otro ataque realizado el día 20 de octubre por la mañana hundiría a un buque cisterna rezagado del convoy HX79, concretamente el SS. Loch Lomond (británico 5.452tn). El convoy perdió a doce buques y resultó con otro dañado.
El U100 regresó a Lorient el 23 de octubre de 1940.

4ª Patrulla
Zarpa el 7 de noviembre de 1940 de Lorient para operar al noroeste del Canal del norte.
El U100 atacó a un convoy la noche del 18 al 19 de noviembre sin resultado.
A primera hora del día 23 el U100 localizó al convoy SC11 al sureste de Rockall. Schepke lo atacó y hundió a cinco buques, el SS. Justitia (británico 4.562tn), el SS. Bradfyne (británico 4.740tn), el SS. Bruse (noruego 2.205tn), el SS. Oortmarsum (holandés 3.628tn) y al SS. Salonica (noruego 2.649tn). En un ataque realizado el día 23 por la mañana también hundiría al MV. Leise Maersk (británico 3.136tn) y el mismo por la tarde al SS. Bussum (holandés 3.636tn). En total fueron hundidos doce buques del convoy y otro fue dañado.
El U100 regresó a Lorient el 27 de noviembre de 1940.

5ª Patrulla
Zarpa de Lorient el 2 de diciembre de 1940 para realizar funciones de uboot metereológico al noroeste del Canal del norte, y principalmente al sur de Rockall.
El día 14 de diciembre al suroeste de Rockall el U100 hundiría a dos buques, al SS. Kyleglen (irlandés 3.670tn) y al SS. Euphorbia (británico 3.380tn). El día 18 también hundiría al SS. Napier Star (británico 10.116tn) al sur de Reykjavik.
El U100 regresaría a Kiel el 1 de enero de 1941.

6ª Patrulla
Zarpa de Kiel el 9 de marzo de 1941 para operar en el Atlántico norte.
El U110 divisó al convoy HX112 al sur de Islandia la tarde del día 15. El U100 se dirigió al convoy y la noche del 15 al 16 marzo intentó atacarlo pero fue alejado por los escoltas. Se acercó de nuevo navegando en la superficie cuando fue localizado por el destructor HMS. Vanoc (Lt-Cdr P.R.Ward). El destructor navegando a toda máquina viró y se dirigió hacia el U100.
El HMS. Vanoc embistió al U100 a la altura de la torreta, aplastándola y matando en la acción a Joachim Schepke. La proa del U100 se elevó en el aire antes de hundirse por la popa.
Fueron rescatados seis supervivientes del U100.
Murieron 38 tripulantes, incluido el comandante del U100.
La posición del hundimiento del U100 fue 61º00’N 12º00’W.