Patrullas 2, ningún buque hundido

1a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 19 de Agosto de 1939 para patrullar al Oeste de Gibraltar con la 6 U-Flottille. El U40 atacó a un convoy el 5 de Septiembre de 1939. El U40 fue reclamado para preparar la campaña del Atlántico el día 7 de Septiembre.
El U40 llegó a WIlhelmshaven el 18 de Septiembre de 1939.

2a Patrulla
Zarpa el 10 de Octubre de 1939 de Wilhelmshaven para junto a otros cuatro uboote (U37, U42, U45 y U46) crear la primera "Manada de Lobos" de la guerra. Los uboote participantes debían encontrarse al Suroeste de Irlanda para luego tomar posiciones en Portugal o en el Noroeste de España.

A causa de un retraso a la hora de zarpara el U40 acortó camino cruzando el Canal de la Mancha. El día 13 colisionó con una mina en el Canal de Dover (al Sur de Beachy Heady) y se hundió a una profundidad de unos 40 metros.
Entre el terror y la confusión 9 tripulantes lograron escapar del uboot hundido a traves de la escotilla de popa usando sus sistemas Dräger (respiración autónoma) uno de ellos murió en el ascenso, cinco más murierón en el agua esperando ser rescatados.

Los tres supervivientes fueron rescatados tras permanecer unas 10 horas en el agua por el HMS.Boreas.
De la tripulación del U40 murieron 45 tripulantes y los 3 supervivientes fueron hechos prisioneros.
La posición del hundimiento del U40 es 50°41'36"N 00°15'06"E.