5 Patrullas, 8 buques hundidos (50.255 tn), otros 2 posiblemente dañados.
Durante la Guerra Civil española, prestó servicio en aguas españolas oficialmente encuadrado en el Comité de No Intervención, aunque oficiosamente informaba del movimiento de buques de ayuda a la República.

1a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 18 de octubre de 1939 rumbo al Mar Mediterráneo. En el trayecto se le ordena (junto al U53) esperar al suroeste de Irlanda para un posible encuentro con el U26 cerca de Gibraltar. Mientras esperaba el U25 fue desviado para intentar interceptar un convoy al noroeste de Lisboa pero no hizo contacto alguno. Luego se le ordenó ir al noroeste de Finisterre para interceptar al convoy francés 20K. En el ataque a este convoy fue dañado por los escoltas.
El día 31 de octubre el U25 hunde al SS. Baoulé (francés 5.874 tn) del convoy 20K. Más tarde mientras atacaba a otro barco resultó dañada una de las compuertas de los torpedos. A causa de los daños se vió obligado a regresar a la base.
Llega a Wilhelmshaven el 13 de noviembre de 1939.

Debido a los problemas de diseño de los tipo Ia, el U25 se vió obligado a abortar dos patrullas, zarpó el 19 de diciembre de 1939 regresando el día 21, y zarpó de nuevo el 31 de diciembre de 1939 regresando el 3 de enero de 1940.

2a Patrulla
Zarpa el 13 de enero de 1940 de Wilhelmshaven para operar en el Atlántico. En ruta hacia su área de operaciones el U25 hundió 2 barcos, el día 17 cerca de Muckle Flugga (en las Shetland) hunde al SS. Polzella (británico 4.751 tn) y más tarde al SS. Enid (noruego 1.140 tn).
El día 18 el MV. Pajala (sueco 6.873 tn) fue torpedeado y hundido por el U25 cerca de la isla de North Rona (en las Hebridas). El SS. Songa (noruego 2.589 tn) era hundido a 220 millas al oeste de Scillies en la tarde del día 22.
Al U25 se le ordena patrullar más al sur, al oeste de la bahía de Vizcaya y las costas portuguesas y españolas. Es reabastecido en Cádiz el día 30 de enero por el mercante alemán Thalia. El U25 atacó al convoy OG16 el 3 de febrero hundiendo al SS. Armanistan (británico 6.805 tn) al oeste de Lisboa. De regreso hunde al buque cisterna MV. Chastine Maersk (danés 5.177 tn) al norte de las Shetlands el día 13 de febrero.
Regresa a Wilhelmshaven el 19 de febrero de 1940.

3a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 3 de abril de 1940 bajo ordenes selladas, para tomar parte de la operación Hartmut (invasión de Noruega). El día 6 cuando son abiertas las ordenes selladas todos los uboote toman posiciones en las costas Noruegas, donde a partir del día 9, dieron apoyo a las tropas alemanas de desembarco, y a los transportes marítimos ante posibles ataques de fuerzas británicas.
Al U25 se le ordena formar parte del Primer Grupo U-boot para operar en las cercanías de Narvik y en el fiordo de Vest. Más tarde, el día 10 el U25 ataca, al salir del fiordo de Vest, a un grupo de destructores británicos que acababan de atacara a los destructores alemanes siuados en Narvik. Por la tarde del día 11 atacó a dos destructores de una "Task Force" en el fiordo de Ofot. Todos estos ataques fueron infructuosos a causa de problemas en los torpedos. De nuevo el día 13 el U25 atacó a una fuerza naval británica cerca del fiordo de Ofot pero una vez más los torpedos fallaron.
Tras patrullar la zona de las Shetlands el U25 regresó a Wilhelmshaven el 6 de mayo de 1940.

4a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 8 de junio de 1940 para operar en el Atlántico. En ruta hacia su destino hunde al mercante armado (Q-ship) HMS. Scotstoun (británico 17.046 tn) en la zona de los North-Western approaches el día 13.
El U25 forma parte de una manada de lobos comandados por Günther Prien, se establece una línea de patrulla al suroeste de Irlanda por delante del convoy HX48 para intentar interceptarlo el día 16 de junio. El convoy cambió el rumbo hacía el sur y no hubo ningún contacto.
El grupo se disolvió el día 17 y los sumergibles tomaron posiciones al oeste del Canal de la Mancha. El día 19 de junio el U25 torpedea a un buque cisterna al suroeste de Brest, el cual fue abordado por otro mercante. El buque cisterna dañado ya no pudo ser localizado.
El U25 regresó a Wilhelmshaven el 29 de junio de 1940.

5a Patrulla
El 1 de agosto de 1940 zarpa de Wilhelmshaven para operar al oeste de las islas británicas. El día 3 de agosto, al norte de Terschelling (en las Islas Frisian), colisionó con una mina colocada por destructores ingleses (campo de minas nº7).
El U25 se hundió, no hubo supervivientes (49 muertos).
La posible posición del pecio es 54°14N 05°07E.