3 Patrullas, 2 buques enemigos hundidos (3.435tn)

1a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 2 de Septiembre para operaciones de minado en la costa Noreste de Inglaterra, deposita sus minas el día 5 rn la bahía de Tees, cerca de Hatlepool. No hay datos de ningún hundimiento causado por estas minas.
El U16 regresa a Kiel el 8 de Septiembre de 1939.

2a Patrulla
Zarpa el 13 de Septiembre para patrullar en la costa Noruega, cerca de Skudesnes. El día 28 torpedea y hunde al SS.Nyland (Sueco 3.378tn) al Suroeste de Stavanger.
Regresa a Kiel el 5 de Octubre de 1939.

3a Patrulla
Zarpa de Kiel el 18 de Octubre de 1940 para efectuar operaciones de minado en la costa Sureste Inglesa. Deposita minas cerca de Dungeness el día 22. El hundimiento del pesquero Ste Clair (Francés 57tn) el 20 de Noviembre pudo estar producido por alguna de las minas del U16.
En su viaje de regreso el U16 es localizado y atacado con cargas de profundidad por el HMS.Puffin (Lt-Cdr Hon J.M.G.Waldegrave) y por la trainera antisubmarina HMS.Caton Wyke (Cdr H.R.B.Hammond-Chambers). El U16 fue gravemente dañado y se hundió al día siguiente al Sureste de Dover.
No hubo supervivientes (28 muertos). Es posible de que tras ser dañado el U16 fuera destruído por una mina.
La posición aproximada del pecio del U16 ed 51°09N 01°28E.