• 08.35 - 06.40: En la U-Schule Flottille, Neustadt. Primero como Schulboot (uboot de entrenamiento) y luego como Frontboot (uboot de combate).
  
• 07.40 - 07.44: En la 21.U-Flottille, Pillau Schulboot como Schulboot (uboot de entrenamiento)

• 06.08.35 - 29.09.37: OL más tarde KL Hans Meckel
  
• 30.09.37 - __.07.38: OL Ernst-Günter Heinicke
  
• 29.10.38 - 02.01.40: OL más tarde KL Gustav Wilhelm Joachim Schepke
  
• 03.01.40 - 28.07.40: KL Gerd Schreiber
  
• 29.07.40 - 10.11.40: KL Helmut Franzke
  
• 11.11.40 - 02.07.41: KL Otto Erich August von Bülow
  
• 03.07.41 - 02.03.42: OL Hans-Hartwig Trojer
  
• 03.03.42 - 30.09.42: OL Joachim Zander
  
• 01.10.42 - 18.05.43: LT más tarde OL Herbert Zoller
  
• 19.05.43 - 09.06.44: LT más tarde OL Ernst Hartmann
  
• 10.06.44 - 16.07.44: LT Hermann Neumeister

5 Patrullas, 2 buques enemigos hundidos (2348 tn)

Tras ser comisionado el U3 pasó a formar parte de la Escuela Uboot de Neustadt. En Septiembre de 1935 formó parte de la escuela antisubmarina para llevar a cabo el entrenamiento técnico de las nuevas tripulaciones.

El U3 era un uboot de entrenamiento pero pasó a ser uboot de combate al empezar la guerra.

Nacionalidad

1a Patrulla
El 4 de septiembre del 39 zarpa de Wilhelmshaven para patrullar por el Mar del Norte, vuelve a la base el día 8.

2a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el 13 de septiembre de 1939 hacía el Mar del Norte para operar contra sumergibles enemigos. Regresa a su base el día 24.

3a Patrulla
El 27 de Septiembre zarpa de Wilhelmshaven para operar en el Skagerrak. El día 30 Schepke hunde al SS.Vendia (danés 1150tn) por medio de torpedo y ametralladora, al noroeste de Hanstholm, Suecia. Seis supervivientes son subidos a bordo del U3. Más tarde, el mismo día, Schepke detiene otro barco, el SS.Gun (sueco de 1198tn). Al no tener los documentos en regla apresa el barco. Al poco tiempo el SS.Gun intentó abordar al U3, entonces el grupo que había intentado apresar el barco (al parcer sin éxito) lo hundió por medio de cargas.
El U3 regresó de su patrulla a Kiel el 3 de Octubre de 1939.

4a Patrulla
Zarpa de Kiel el 16 de marzo de 1940 para operar inicialmente al Oeste del Skagerrak contra contra los sumergibles británicos. Al parecer unos 14 de ellos operan en esa área y hacía una zona al norte de Terschelling. En esas fechas se estaba a la espera de una posible invasión de Noruega por parte de los aliados mientras Alemania planeaba invadir Dinamarca y también Noruega.

Al cabo de unos días el U3 y otros uboote fueron enviados al area de Lindesnes donde un informe señalaba que buques de guerra Británicos habían sido divisados en las cercanías de Egersund. Un Crucero y su grupo escolta fue divisado pero no atacado para no perjudicar la inminente invasión de Noruega.
El U3 fue reclamado y llego a Wilhelmshaven el 29 de marzo de 1940.

5a Patrulla
Zarpa de Wilhelmshaven el día 12 de abril del 40 para operar en aguas Noruegas.
El día 15 eñ U3 fue reclamado para volver a servir como uboot escuela. Al día siguiente, en su viaje de regreso, se encontró con el sumergible británico HMS.Porpoise aunque no hubo ataques por parte de ninguno de los dos.
El U3 llegó a su base el día 19 de abril.

El U3 no participaría en ninguna operación de combate más. En julio de 1940 se unió a la 21 U-Flottille de Pilau.
Fue decomisado en Pilau el 1 de agosto del 44 y desguazado.