Por orden del comandante de la Ubootwaffe, Karl Dönitz, el inicio de los combates para los sumergibles en la WWII dio comienzo a las 13.30 horas del 3 de Septiembre de 1.939.
La orden permitía a los U-Boote atacar a mercantes que navegaran en solitario y a transportes militares, pero sólo bajo las normas que regulaban la guerra marítima firmada en la Convención de La Haya. Solamente podían ser atacados sin previo aviso los barcos que navegaran en convoy.
Desde el 19 de Agosto, un total de 17 submarinos estaban en el mar. Otros 6 del Tipo II se les unieron el 27 y otros 6 mas el día 29.

En la tarde del 3 de Septiembre de 1.939, el comandante del U30 (Kptlt. Fritz Julius Lemp) descubrió un barco navegando a toda máquina, al cual identificó como un transporte de tropas.
Una salva de 3 torpedos (el cuarto permaneció en el tubo) fue disparada a las 19.43 horas, comenzando así la Batalla del Atlántico. El buque atacado fue el británico Athenia (13.581 BRT). Cuando el barco emitió un SOS, el U30 de dio cuenta de su error. Las ordenes dadas a los U-Boote prohibían el ataque de buques de pasajeros (118 personas, de las cuales 22 eran norteamericanos, murieron) excepto si navegaban en convoy y con escolta de buques de guerra.

Cuando el U30 regresó a Wilhelmshaven, el 29 de Septiembre de 1.939, se tomaron mediadas disciplinarias contra el comandante (se habló incluso de formarle Consejo de Guerra).

El comando del B.d.U llegó a la conclusión de que durante los momentos previos al ataque, el comandante no comprobó cuidadosamente el tipo de buque que iba a atacar. Debido a la situación política en esos momentos, el hundimiento del Athenia fue mantenido en secreto y la correspondiente página del diario de a bordo del U30 fue arrancada.

Hubo dos casos en toda la WWII en el que se arrancó una pagina del diario del un buque de la Kriegsmarine.

El 5 de septiembre otros submarinos registraron sus primeros ataques exitosos. El U48 (Kptlt. Herbert Schultze, apodado “Vaddi”) hundió el buque ingles Royal Spectre (4.853 BRT) con su cañón de cubierta. Sin embargo, no hundió otro buque, el Browning, que recogió a los supervivientes del anterior. Aparte de esto, el U48 envió un mensaje sin codificar dirigido a Churchill en el cual le indicaba la posición del buque hundido y finalizaba con la expresión “salve a los supervivientes”; esto sólo era posible al inicio de la guerra. El mismo día, el U47 (Kptlt. Gunther Prien), ataco y hundió con torpedos y fuego de cubierta al buque británico Bosnia.

El día 6, el U38 (Kptlt. Heinrich Liebe) hundió al Manaar (7.242 BRT) y Gunther Prien hundió su segundo buque, el Río Claro.
Durante estos días, los sumergibles del Tipo II estaban distribuyendo minas cerca de los puertos británicos.

El día 8, el U29 (Kptlt. Otto Schuhart) hundió el buque cisterna Regent Tigre (10.176 BRT) y el U34 (Kptlt. Wilhelm Rollmann) dañó el buque cisterna Kennebec.

El 14 de septiembre, el U39 (Kptlt. Gerhard Glattes) descubrió al portaaviones británico Ark Royal y le disparó 3 torpedos.
Estos, estaban armados con espoletas magnéticas y explotaron prematuramente, delatando la posición del sumergible.

Como resultado, este fue atacado y hundido por los destructores de escolta (la tripulación fue rescatada).

Durante el primer mes de guerra, los sumergibles hundieron un total de 52 buques con un tonelaje de 22.547 BRT.

A finales de 1.939, Dönitz recibió, del reconocimiento aéreo, fotografías de la base naval de Scapa Flow. Tras un minucioso análisis de estas, fue evidente que había una pequeña posibilidad, para un sumergible, de atravesar la barrera defensiva, compuesta por barcos hundidos, y entrara en la base. Durante dicha acción, que tendría lugar en el punto más estrecho, el Uboot tendría sólo 5 metros de espacio a cada lado.

Dönitz confió la misión al comandante del U47, Gunther Prien (que hasta la fecha había hundido 3 barcos mercantes).

El día 17, el U47 fue recibido en Wilhelmshaven. Gunther Prien recibió la Cruz de Hierro de 1ª clase mientras el resto de la tripulación recibió la Cruz de Hierro de 2ª clase. Este éxito fue inmediatamente explotado por la propaganda y la tripulación de Prien fue recibida con honores por Hitler, quien les obsequió con una comida en la Cancillería del Reich. Prien recibió la Cruz de Caballero de manos de Adolf Hitler. El primer oficial del U47 era el posterior “as” Oblt.z.See Engelbert Endraß, quien también diseñó el símbolo de “El toro de Scapa Flow” que fue pintado en color blanco a ambos lados de la torreta del U47. Este símbolo llego a ser el más famoso de toda la Ubootwaffe a lo largo de la WWII.

El fallo del mecanismo de disparo de los torpedos no fue algo inusual en este estado de la guerra. El 30 de octubre, el U56 (Kptlt. Wilhelm Zahn) disparó 3 torpedos a una agrupación naval británica que incluía los acorazados Nelson y Rodney, el crucero de batalla Hood y su escolta de 10 destructores. Todos los torpedos alcanzaron al Nelson (Churchill estaba abordo) pero ninguno explotó. El 25 de octubre, el U48 informo de que 5 de sus torpedos habían fallado y, el día 31, el capitán del U25 (Kptlt. Víctor Schütze) informó de que 4 de sus torpedos habían fallado al explosionar. El comandante del U46 (Kptlt. Herbert Sohler) informó el 7 de noviembre de que de 12 torpedos disponibles, 9 habían fallado debido a defectos.

Durante las primeras semanas del año, la gruesa capa de hielo hizo que las acciones de los sumergibles fueran más complicadas. En los primeros días de enero, el U58 (Kptlt. Herbert Kuppisch) hundió 2 barcos.
El día 8, el U19 (Oblt.z.See Joachim Schepke) hundió el buque noruego Manx en el estuario del río Humber tras lo cual fue atacado por un destructor británico. El U19 fue dañado por las cargas de profundidad aunque su tripulación fue capaz de reparar los daños y el buque pudo reanudar sus actividades.
El día 12, el U23 (Kptlt. Otto Kreschtmer) hundió el buque cisterna Danmark (10.157 BRT) que había sido protegido por 2 destructores.

• U26
  Durante su primera misión entregó 9.000 Kg. de munición para piezas de 2cm, 7.000 Kg. de granadas y 2 piezas de 2cm. también desmanteló su propia pieza de 2cm para dejarla como armamento adicional para las fuerzas alemanas. Durante su segunda misión entregó munición para piezas de 12,7cm y 3,7cm, además de bombas de aviación, combustible de aviación y lubricantes.
• U43
  Durante su primera misión transportó 13.000 Kg. de munición para armas de pequeño calibre para la infantería, 7.000 Kg. de granadas y 15.000 Kg. de munición de 2cm. Durante su segunda misión transportó partes de la turbina y del generador del destructor Paul Jakobi (Z5).
• U29
  Transportó, entre otras cosas, 5.000 Kg. de munición de 2cm y desmanteló y entregó su cañón de 8,8cm.
• U32
  Transportó un cañón de 8,8cm, 706 proyectiles de dicho calibre, 20.000 litros de combustible de aviación, 1.200 Kg. de lubricantes y una bomba especial (de alta capacidad) para suministrar combustible.
• UA
  Transportó un cañón de 8,8cm, 1.150 proyectiles de dicho calibre, 16 bombas de aviación de 250 Kg. cada una, 165.000 litros de combustible de aviación, 5.000 Kg. de lubricantes para aviones y 9.000 Kg. de combustible para submarinos.
• U122
  Transportó un cañón de 8,8cm y su munición, bombas para aviación, 90.000 litros de combustible de aviación y lubricantes.
• U101
  Transportó un cañón de 8,8cm, 774 proyectiles de dicho calibre, 8 bombas de aviación de 250 Kg. cada una, 16.000 litros de combustible de aviación y 1.200 Kg. de lubricantes.
• U61
  Transportó 13.000 Kg. de munición para armas de pequeño calibre, 15.000 Kg. de munición de 2cm y 7.000 Kg. de granadas de mano.

El 10 de abril, el U4 (Kptlt. Hans Peter Hinsch) hundió el sumergible británico Thistle. Los Uboote que llevaron a cabo misiones de combate durante la Operatión Weserübung atacaron buques de guerra británicos varias veces. Sin embargo, los torpedos lanzados fallaron casi siempre. Esto queda ilustrado con estos ejemplos:

• U51
  El 10 de abril disparó 2 torpedos a un destructor británico pero detonaron a 100m enfrente del objetivo.
• U25
  El 11 de abril, cerca del Vestfjord, en la región de Narvik, disparó una salva de torpedos en la dirección de una agrupación de destructores británicos.
  Todos los torpedos detonaron antes de alcanzar sus objetivos.
• U48
  El 11 de abril, en un fiordo situado antes de Narvik, disparó 3 torpedos en la dirección del crucero británico Cumberland. Sólo uno de ellos detonó, pero detrás del objetivo. Varias horas más tarde, el U48 atacó otro buque de guerra británico con 3 torpedos, esta vez detonaron frente al objetivo.
  El 14 abril, en el Vestfjord, tuvo la oportunidad de atacar al acorazado Warspite desde corta distancia. De nuevo, todos los torpedos fallaron. El hundimiento del Warspite podría haber tenido un efecto decisivo en las posteriores perdidas alemanas en le sector de Narvik.

La acción más espectacular la llevó a cabo el U47. El 15 de abril, Gunther Prien observó numeroso buques de guerra que estaban protegiendo el desembarco de unidades británicas.
Describió a Dönitz que vio literalmente “un muro de barcos”. A las 22.42 horas, disparó una salva de 4 torpedos en la dirección de los buques británicos, los 4 fallaron.

En completa calma, durante los siguientes 90 minutos, la tripulación comprobó los siguientes torpedos en las condiciones en que se encontraban en el sumergible. A una distancia de 750m de los buques británicos, en superficie, el U47 llevó a cabo un segundo ataque. De nuevo, todos los torpedos fallaron. Uno de ellos detonó bajo el agua tras haber golpeado en una roca del fondo.

Pero, este no es el final de la historia. Durante el viaje de vuelta, el 19 de abril, desde una distancia de 900m, el U47 lanzo 2 torpedos al acorazado británico Warspite. Uno detonó en frente del buque, el otro a popa. En una conversación con Dönitz, tras volver de la misión, dijo que no se imaginaba a si mismo ir a otra misión armado con un fusil de madera.

Las ocasiones perdidas de hundir varios buques británicos volvieron a obsesionar a los alemanes en las siguientes acciones en Noruega.

En abril, el Grossadmiral Raeder estableció una comisión para examinar las razones de los fallos en los torpedos.

El 11 de diciembre de 1.941, el K. Adm. Oskar Wehr (a cargo del desarrollo de torpedos) y dos de sus más cercano colaboradores, fueron enviados a prisión.
Después de 6 meses fueron puestos en libertad y empleados de nuevo en la industria de armamento.
En 1.944, Hitler dejo de lado el resto sus sentencias y les concedió el perdón.

Tras la catástrofe de los torpedos en abril, a través de conversaciones con varias tripulaciones de sumergibles, Dönitz trató de elevar su moral. Tras el final de la Operation Weserübung, muchos de los Uboote fueron enviados a los astilleros para las necesarias revisiones y reparaciones.